本作舞台设置在古代的神奥地区，这是很久以前人类罕有与宝可梦一起生活的时代。当时还没有宝可梦训练家和宝可梦联盟的概念，生态环境亦有不同。在严苛的自然环境下，宝可梦以真实自然的状态在各种各样的地方生活。主角将受博士委托，在木木枭、火球鼠、水水獭中选择一只宝可梦作为最初的伙伴去收集宝可梦图鉴。阿尔宙斯是本作的剧情关键。